De overlevering wil dat hier reeds omstreeks 650 een eerste kerk werd gebouwd, die door Sint-Elooi zelf werd ingewijd. De eerste kerk van Helkijn zou bediend zijn door de monniken van de Sint-Maartensabdij te Doornik. Het patronaat van de parochiekerk behoorde immers aan de Bisschop van Doornik, die tevens leenheer en gedeeltelijk ook eigenaar was van de Heerlijkheid Helkijn.
Het oudste nawijsbare kerkgebouw dateert van 1200. Archeologen troffen in de onderbouw van de huidige Sint-Janskerk de resten aan van een éénbeukige Romaanse constructie in Doornikse steen.
Door zijn strategische ligging op de grens tussen het Graafschap Vlaanderen en het fransgezinde Doornik, speelde Helkijn herhaaldelijk een belangrijke rol op militair vlak. De kerk werd dan ook menigmaal vernield. Tijdens de negenjarige oorlog tussen Frankrijk en Oostenrijk (1688-1697) werden de kerkschatten geroofd en in 1694 brandden de franse legereenheden het gebouw plat. Dankzij een bijzondere betoelaging van de Zonnekoning (Louis XIV), waarschijnlijk wegens de goede ontvangst op La Folie (zie hoeve Maes), kon de heropbouw van de kerk reeds in 1705 worden voltooid. De bakstenen klokketoren werd in 1716 aan het complex toegevoegd. Tijdens de Franse Revolutie werd de kerk gesloten en de inboedel openbaar verkocht. De kerk werd een ander maal vernield tijdens de Eerste Wereldoorlog.
In 1990 werd het interieur volledig gerestaureerd, met de steun van de gemeente, het bisdom en de Koning Boudewijnstichting. Het interieur is nu het resultaat van een compromis tussen actuele gegevens, gedifferentieerd witte muren, gekoppeld aan een zachtblauwe koorhemel en oorspronkelijke 18e eeuwse barok.
Kerkschatten
Een merkwaardige zilveren schotel van Brugse makelij uit het einde van de 17e eeuw.
Een stijlvol zilveren ceremoniestaf, bekroond met een zilveren beeldje, Sint-Jan-de-Doper voorstellend.
De patroon van de kerk, Sint-Jan-de-Doper, wordt aangeroepen tegen de "vreze"(nare dromen) en wordt gevierd op 24 juni.